Quy định, chính sách hỗ trợ thiệt hại do bão số 12 về cơ bản đã có nhưng quá trình thực thi của các ngành, địa phương còn lúng túng. Đây là vướng mắc mấu chốt. Đã có ít nhất 2 lần đoàn công tác của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam làm việc tại Khánh Hòa, tuy nhiên vẫn còn nhiều khó khăn trong thực tiễn triển khai. Cùng một đối tượng, cùng một mức độ thiệt hại nhưng việc xác nhận của từng ngành lại không giống nhau về quy trình, thủ tục. Ngân hàng một đằng, thuế, bảo hiểm một nẻo. Nhiều ý kiến cho rằng, phải thống nhất một cơ quan, cấp thẩm định xác nhận thiệt hại nhằm tránh sự chồng chéo, mặt khác không làm mất thời gian của người dân, doanh nghiệp vì phải làm đi làm lại hồ sơ.
Theo hướng dẫn sơ bộ của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam, đối với trường hợp doanh nghiệp bị thiệt hại, doanh nghiệp và ngân hàng sẽ cùng đánh giá mức độ và lập hồ sơ thiệt hại; tiếp đó UBND cấp xã xác nhận; Sở Tài chính thẩm định lại và UBND tỉnh sẽ ký xác nhận cuối cùng. Phía Ngân hàng Nhà nước Việt Nam cho biết sẽ kiến nghị thống nhất một mẫu biên bản xác nhận sử dụng chung cho nhiều ngành khi thực hiện chính sách hỗ trợ cho đối tượng bị thiệt hại do thiên tai.
Về điều kiện phải có văn bản công bố tình trạng thiên tai trong hồ sơ khoanh nợ, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam đề nghị tỉnh phối hợp với Ban chỉ đạo Trung ương Phòng chống thiên tai để có hình thức công bố cho phù hợp. Đối với những trường hợp vay vốn không thuộc Nghị định 55 của Chính phủ (tức không có chính sách cho vay ưu đãi, khoanh nợ, miễn giảm lãi...) và cơ chế cho vay hỗ trợ lãi suất (tùy thuộc vào nguồn lực ngân sách nhà nước), Thủ tướng Chính phủ đã giao Ngân hàng Nhà nước chỉ đạo các tổ chức tín dụng rà soát các thủ tục, báo cáo, đề xuất với Chính phủ trong thời gian sớm nhất.