Dù có những xích mích với HLV Pep Guardiola trong phần đầu mùa giải 2016/17 tuy nhiên Aguero vẫn luôn chứng minh được năng lực của mình khi trở thành tay săn bàn xuất sắc nhất Man City. Chân sút người Argentina đã có tới 20 bàn thắng dù luôn bị chấn thương rình rập.
Tuy nhiên, với sự góp mặt của "tiểu Neymar" Gabriel Jesus, tương lai của Aguero đang bị đặt dấu hỏi. Cụ thể, Aguero không còn là sự lựa chọn duy nhất trên hàng công. Bên cạnh đó, HLV Pep Guardiola lại ưa thích sử dụng những ngôi sao tấn công có lối chơi khéo léo và uyển chuyển như tiền đạo sinh năm 1997 hơn.
Chính vì lẽ đó, một số nguồn tin cho rằng Aguero sẽ rời Etihad trong hè 2017. Tuy nhiên, khi thị trường chuyển nhượng hè 2017 còn chưa chính thức mở cửa, chủ tịch CLB Man City đã lên tiếng chốt tương lai của chân sút người Argentina.
Chia sẻ với báo chí, Chủ tịch Man City khẳng định: "Không có chuyện Aguero ra đi trong hè này. Cậu ấy là một trong những cầu thủ vô cùng quan trọng của CLB. Tương lai của Aguero tại Man City không có gì phải bàn cãi.
Man City sẽ không đàm phán về Aguero với bất cứ giá nào. Tôi không can thiệp vào công việc chuyên môn nhưng tôi tin rằng HLV Pep Guardiola sẽ có những kế hoạch phù hợp để phát huy tốt tài năng của cả Aguero và Jesus".