Nguồn kinh phí sự nghiệp được dùng để chi rà soát, cập nhật quy hoạch cung cấp nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn toàn quốc, các vùng sinh thái, các tỉnh, huyện. Trong đó, ngân sách Nhà nước hỗ trợ 100% kinh phí thực hiện theo dự toán được cấp có thẩm quyền phê duyệt.
Bên cạnh đó, chi đào tạo, tập huấn nâng cao năng lực cho cán bộ và người dân tham gia thực hiện Chương trình. Tất cả học viên được hỗ trợ 100% chi phí tài liệu; hỗ trợ tiền ăn cho các học viên không hưởng lương từ ngân sách tối đa không quá 50.000 đ/người/ngày.
Nguồn kinh phí sự nghiệp cũng hỗ trợ các hộ nghèo, cận nghèo và gia đình chính sách xây dựng nhà tiêu hợp vệ sinh hộ gia đình, chuồng trại chăn nuôi hợp vệ sinh (gồm cả Biogas). Các hộ nghèo, gia đình chính sách được ngân sách Nhà nước hỗ trợ không quá 70% giá thành nhà tiêu hợp vệ sinh mẫu, chuồng trại chăn nuôi hợp vệ sinh mẫu. Hộ cận nghèo được hỗ trợ không quá 35%.
Đối với công trình cấp nước sạch của trường học ở nông thôn (nhà trẻ, mẫu giáo, trường tiểu học, trường Trung học cơ sở, trường Trung học phổ thông), trạm y tế xã, ngân sách Nhà nước hỗ trợ không quá 90% dự toán công trình được cấp có thẩm quyền phê duyệt.
Thông tư có hiệu lực thi hành từ ngày 2/3/2013.