Mặc dù cả hai Bộ đều nhất trí việc mở đường bay thẳng Nội Bài – Tân Sơn Nhất tuy nhiên vẫn còn hai khó khăn lớn cần được tháo gỡ, đó là hạn chế về mực bay trong vùng trời của Lào và các hạn chế về vùng trời trong lãnh thổ Việt Nam.
Việc thử nghiệm đường bay thẳng được thực hiện với độ cao tối ưu. Tuy nhiên, theo Cục Hàng không Việt Nam, thực tế khi bay qua Lào, phương tiện không được bay ở độ cao tối ưu, mà chỉ được bay trong dải độ cao từ 7.300-8.500m. Nếu so với bay ở độ cao tối ưu, việc bay ở tầm thấp sẽ gây tốn nhiều nhiên liệu.
Một vấn đề nữa được đưa ra là các hạn chế về vùng trời. Đường bay thẳng được thử nghiệm là đã bay thẳng qua khu vực cấm bay Hà Nội, vùng trời và các không vực huấn luyện của không quân Việt Nam trong khu vực sân bay Thọ Xuân, sân bay Biên Hoà. Theo tính toán của Bộ Quốc phòng, việc bay thẳng này sẽ ảnh hưởng đến 9 đường bay và 3 không vực bay tại sân bay Thọ Xuân. Sân bay Vinh sẽ có 2 không vực bị ảnh hưởng và sân bay Biên Hoà có 3 không vực và 9 đường bay bị ảnh hưởng.
Trước những khó khăn được nêu trong buổi họp, Bộ trưởng Đinh La Thăng một lần nữa khẳng định, dù chỉ tiết kiệm được một phút bay đã là rất quý giá nên cần phải khẩn trương nghiên cứu, giải quyết các vướng mắc, quyết tâm hiện thực hoá đường bay thẳng Nội Bài – Tân Sơn Nhất
Dự kiến trong tháng 9, Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải sẽ trực tiếp làm việc với Bộ trưởng Giao thông hai nước bạn Lào và Campuchia để xem xét giải quyết những vấn đề còn tồn đọng, đến tháng 10 sẽ có kết luận cuối cùng về đường bay này. Đồng thời, trong khoảng thời gian này, Bộ Giao thông vận tải và Cục Hàng không sẽ tiếp tục nghiên cứu nắn chỉnh thêm các đường bay khác vì đây được coi như một chiến lược quan trọng để nâng cao hiệu quả của hàng không dân dụng Việt Nam.