Liên quan đến công trình Thủy điện Sông Tranh 2, trên các phương tiện thông tin đại chúng thời gian qua, một số nhà khoa học đã bày tỏ sự lo ngại về tính ổn định của nền địa chất bên dưới công trình này. Một số ý kiến cho rằng đập thủy điện Sông Tranh 2 được xây dựng trên nền đá granite dễ bị phong hóa khi gặp nước có thể dẫn đến hiện tượng sụt lún thậm chí là có thể trôi đập. Một số khác lại không đồng tình. Trước những ý kiến khoa học trái chiều, sáng qua (9/11/2012) tại Hà Nội, Hội Địa chất công trình và Môi trường Việt Nam đã tổ chức cuộc Hội thảo “Địa chất công trình nền đập thủy điện Sông Tranh 2” với mục đích thu thập ý kiến đóng góp của các nhà khoa học về vấn đề ổn định nền đập thủy điện Sông Tranh 2.
Những mẫu đá lấy từ lòng hồ thủy điện đã được ban tổ chức trưng bày ngay tại bàn đón tiếp đại biểu với mục đích chứng minh rằng nền đập rất cứng, ổn định và an toàn. Thế nhưng, vẫn có những nghi ngại về khả năng nước thấm trong lòng hồ gây mất ổn định nền đập.
GS Phan Văn Quýnh, Chuyên gia Kiến tạo địa chất, Đại học Quốc gia Hà Nội cho rằng: "Chúng ta thảo luận với nhau không đi vào một cái đích. Đây không khác gì câu chuyện ông nói gà bà nói vịt. Ở đây, chúng tôi không định bàn đến đứt gãy sâu, đứt gãy lớn, đứt gãy sinh chấn mà đây là những cái đứt gẫy nhỏ, quy mô không lớn nhưng nó có khả năng thấm nước làm phức tạp động đất kích thích."
Giáo sư Phan Văn Quýnh nằm trong nhóm những nhà khoa học cho rằng việc xây dựng đập trên nền đá granite là một sai lầm. Ông đưa ra những bằng chứng về việc nước sẽ làm phong hóa đá granite và cảnh báo về nguy cơ trôi đập. Tuy nhiên, ý kiến của ông Quýnh đã gặp phải nhiều ý kiến không đồng tình.
PGS-TS Lê Trọng Thắng, Trưởng phòng Đào tạo Trường ĐH Mỏ địa chất dẫn chứng: "Nước vẫn vận động từ bao đời nay nó vẫn thế. Bây giờ, tôi mở cái chỗ nứt đó ra, tôi lại còn phun xi măng lên trên nữa thì làm sao có chuyện phong hóa được."
Còn GS Phan Trường Thịnh, Chuyên gia Địa chất thủy văn cho rằng: "Vận động của nước trong khe nứt tốc là rất nhỏ. Như vậy, cái quy mô đứt gẫy ở đây được bao nhiêu để cho nước xuống tạo thành một cái xăm như các anh nói? Tôi cho là các anh phải nghiên cứu lại."
Một số chuyên gia cho biết động đất kích thích thường kéo dài khoảng 4 - 6 năm, tuy nhiên sẽ không vượt quá ngưỡng 5,5 độ richter.
Thế nhưng, vẫn có ý kiến cho rằng cần phải nghiên cứu thêm. Theo PGS-TS Cao Đình Triều, Tổng thư ký Hội khoa học kỹ thuật Địa vật lý Việt Nam, Phó Chủ tịch hội địa chấn châu Á: "Nếu thấy biểu hiện mấy trận động đất đấy mà dự báo thế này thế nọ, các đồng chí nên thận trọng. Đng đất Sông Tranh là hết sức đặc biệt. Đặc biệt đến nỗi mà cho đến bây giờ chưa có cái đập nào trên thế giới mà có biểu hiện động đất giống như thế này."
Mặc dù có nhiều tranh luận, nhưng Hội Địa chất công trình cuối cùng đã công bố kết luận nền đập của thủy điện Sông Tranh 2 là vững chắc và an toàn.
PGS-TS Tạ Đức Thịnh, Chủ tịch Hội địa chất công trình và Môi trường Việt Nam khẳng định: "Theo kết quả nghiên cứu của các chuyên gia động đất thì thời gian tới, động đất kích thích tại công trình thủy điện Sông Tranh 2 vẫn tiếp tục xảy ra nhưng cường độ động đất kích thích sẽ không vượt quả khả năng chịu đựng được thiết kế của thủy điện Sông Tranh 2. Như vậy đập thủy điện Sông Tranh 2 an toàn."
Sau gần 4 tiếng thảo luận với hàng chục các ý kiến phát biểu thì mặc dù các nhà khoa học vẫn chưa thể đi đến một sự thống nhất và đồng thuận hoàn toàn, nhưng nhiều vấn đề, nhiều nghi vấn khoa học đã được tạo điều kiện tranh luận và bước đầu được làm sáng tỏ. "Hòn đá không biết nói năng", vì vậy, để có thể chứng minh được với dư luận về sự an toàn của thủy điện Sông Tranh 2 sẽ cần đến rất nhiều những cuộc tranh luận khoa học như thế này trong thời gian tới.