Bà Trần Thị Lệ Nga cho biết, mặc dù kể từ 1/1/2009, theo Luật thuế TNDN thay đổi, chỉ những doanh nghiệp sản xuất phần mềm mới được hưởng ưu đãi thuế, còn các doanh nghiệp làm dịch vụ thì không. Tuy nhiên, các doanh nghiệp sản xuất phần mềm mặc dù không được hưởng ưu đãi về thuế, vẫn được hưởng các ưu đãi là áp dụng thuế suất thuế TNDN 10% trong thời gian 15 năm, miễn thuế 3 năm và giảm 50% trong 8 năm.
Còn về vấn đề nhiều doanh nghiệp cho rằng, hiện chưa có mã ngành cho lĩnh vực sản xuất phần mềm, nên hầu hết doanh nghiệp khi kê khai đăng ký hoạt động phải khai là doanh nghiệp làm dịch vụ phần mềm, bà Nga cũng cho biết, cho đến nay, Cục vẫn nhận được giấy đăng ký kinh doanh và chứng nhận đầu tư phân biệt rõ sản xuất phần mềm và dịch vụ phần mềm như bình thường, theo quy định 337 của Bộ Kế hoạch Đầu tư về phân ngành kinh tế quốc dân.
Thời gian tới, Cục Thuế sẽ tiếp tục ghi nhận và báo cáo những kiến nghị của các doanh nghiệp công nghệ thông tin lên Thủ tướng Chính phủ.