Theo thống kê của Tổng cục Hải quan, tính từ 1/10/2009 đến 31/8/2013, toàn ngành Hải quan đã phát hiện, bắt giữ 7.051 vụ vi phạm, trị giá hàng vi phạm ước tính gần 453 tỉ đồng. Trong quá trình đấu tranh đã phát hiện nhiều vụ vi phạm, tập trung chủ yếu là gian lận qua khai báo về số lượng, chủng loại, trị giá, mã số, thuế suất hàng hóa, gian lận qua hồ sơ, chứng từ ngoại thương, làm giả chứng từ trong bộ hồ sơ hải quan... đang có chiều hướng gia tăng.
Nổi lên là tình trạng doanh nghiệp lợi dụng hệ thống thông quan điện tử tự động tiếp nhận, kiểm tra, đăng kí, phân luồng tờ khai hải quan điện tử để vi phạm. Cụ thể, tại thời điểm khai báo và truyền nhận dữ liệu đến cơ quan hải quan, doanh nghiệp có thể lợi dụng để gian lận như khai báo sai tên hàng, mã số hàng hóa và thuế suất hoặc khai tên hàng hóa nằm ngoài danh mục rủi ro, quản lí chuyên ngành đối với các lô hàng để được hệ thống phân vào luồng Xanh (miễn kiểm tra hồ sơ giấy và miễn kiểm tra thực tế hàng hóa) để xuất khẩu hoặc nhập khẩu hàng lậu.
Ngoài ra, lợi dụng quy định hiện hành đối với tờ khai xuất khẩu do không quy định ghi số hiệu container nên doanh nghiệp lợi dụng mở nhiều tờ khai cùng lúc. Khi tờ khai xuất khẩu được miễn kiểm tra thực tế hàng hóa, doanh nghiệp có thể ghép các container có chứa hàng lậu vào một trong các tờ khai đã mở...