Nguyên nhân là vì hình thức nuôi này có thể để lại những hậu quả khó khắc phục về môi trường, mặc dù hiệu quả ban đầu là khá cao.
Tại tỉnh Khánh Hòa, chỉ tính riêng vùng nuôi tôm lót bạt trên cát tại xã Vạn Thọ, huyện Vạn Ninh với diện tích khoảng 30 ha, hàng năm nuôi được đến hơn 2.000 tấn tôm thương phẩm. Doanh thu hàng chục tỷ đồng mỗi năm. Bí quyết của các hộ nuôi tôm ở đây là khoan giếng ở độ sâu từ vài mét đến vài chục mét để lấy nước ngầm cấp các ao nuôi.
Tuy nhiên, hệ thống giếng khoan dày đặc đã làm mạch nước ngầm ở các khu dân cư của xã Vạn Thọ suy giảm nghiêm trọng. Thêm vào đó, mỗi ha nuôi tôm lót bạt trên cát, sẽ thải ra môi trường đến 15 tấn chất thải trong mỗi vụ.