Theo biên niên sử, chùa Phổ Minh được vua Trần Thánh Tông cho xây dựng vào năm 1262 ở phía Tây cung Trùng Quang, phủ Thiên Trường. Nhưng theo các bản khắc trên bia cho biết chùa có từ thời Lý, được mở rộng với quy mô lớn vào thời Trần. Trải qua nhiều lần tu bổ nhưng
chùa vẫn giữ được nhiều dấu tích nghệ thuật đời Trần.
‘ Chùa Phổ Minh được xây dựng vào 1262 phía Tây cung Trùng Quang, phủ Thiên Trường
Các công trình kiến trúc và chạm khắc trong chùa còn giữ được dấu ấn của thời Trần và thời Mạc như bộ cánh cửa bằng gỗ lim chạm rồng ở nhà bái đường, tháp Phổ Minh, đôi sấu ở tam quan, rồng ở thành bậc tiền đường, tháp và tượng Bà chúa Mạc… Trước đây, chùa có một chiếc vạc lớn bằng đồng đặt ở sân trước được coi là một trong bốn bảo khí quốc gia (vạc Phổ Minh, tháp Báo Thiên, chuông Quy Điền, tượng Quỳnh Lâm).
‘ Tháp Phổ Minh - ngọn tháp chùa bằng gạch cao nhất Việt Nam
Nhắc đến chùa Phổ Minh không thể không nhắc đến ngọn tháp nổi tiếng tháp Phổ Minh. Tháp được xây dựng vào năm 1305 gồm 14 tầng, cao 21,2 m. Trung tâm Sách kỉ lục Việt Nam đã xác lập kỷ lục đây là ngôi tháp chùa bằng gạch cao nhất Việt Nam. Cả chùa và tháp Phổ Minh đều được Bộ Văn hóa thông tin công nhận là Di tích lịch sử - văn hóa quốc gia.
Những công trình kiến trúc, nét chạm khắc hoa văn ở ngôi chùa Phổ Minh linh thiêng đều chứa đựng những thông điệp của riêng nó. Chúng khơi gợi trí tò mò khám phá cho những ai một lần đến tham quan ngôi chùa.