Thứ nhất, việc doanh nghiệp khai trước tờ khai và biết trước kết quả phân luồng hàng hóa nên lợi dụng điều này sau đó đổi hàng, gian lận thương mại, buôn lậu, trốn thuế.
Thứ hai, hiện hệ thống tự động tiếp nhận đăng ký tờ khai nhưng chưa có chức năng ngăn chặn, cảnh báo tờ khai trùng. Các doanh nghiệp lợi dụng điều này thực hiện khai nhiều tờ khai cho cùng một lô hàng nhằm lựa chọn tờ khai được miễn kiểm tra hàng hóa. Chỉ trong năm 2013, Cục Hải quan TP.HCM đã phải làm thủ tục hủy 3.142 tờ khai ảo.
Thứ ba, cơ sở dữ liệu về quản lý rủi ro tuy được xây dựng nhiều nhưng vẫn chưa đầy đủ, nên đối tượng buôn lậu thường chọn những doanh nghiệp được xếp vào danh sách chấp hành tốt pháp luật để khai báo những mặt hàng nằm ngoài danh mục quản lý rủi ro nhằm thực hiện hành vi buôn lậu.