Khó khăn hiện nay của ngành cá tra vẫn do hai thị trường chính là Mỹ và EU tiếp tục đưa ra nhiều rào cản tiêu chuẩn, môi trường khắt khe hơn khi cho rằng doanh nghiệp của Việt Nam bán phá giá. Các thị trường khác của Việt Nam lại tăng không đáng kể.
Bước sang năm 2014, đại diện Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu Thủy sản Việt Nam dự báo, năm 2014, kim ngạch xuất khẩu cá tra sẽ tiếp tục giảm khoảng 5% do nguồn nguyên liệu trong nước giảm và doanh nghiệp bị ảnh hưởng bởi chính sách thắt chặt tín dụng của ngân hàng.
Mặt hàng cá tra hiện đang đứng thứ hai sau tôm, chiếm 26% tổng giá trị xuất khẩu thủy sản của Việt Nam.