Năm 2006, Câu lạc bộ bóng đá Ninh Bình được thành lập và đặt dưới sự quản lý của ông bầu Hoàng Mạnh Trường. Trước đó, đây chỉ là một cái tên ở giải hạng Nhì.
Năm 2007, đội bóng này hợp nhất với Sơn Đồng Tâm Long An và dùng luôn suất chơi hạng Nhất của đội bóng này.
Đến năm 2009, đội bóng đổi tên thành Câu lạc bộ bóng đá Xi măng The Vissai Ninh Bình. Ngay sau đó, Ninh Bình vô địch hạng Nhất và lên chơi ở V-League. Tại giải đấu này, thứ hạng cao nhất của Ninh Bình là hạng 4 năm 2011.
Năm 2013, đánh dấu bước ngoặt lịch sử của đội bóng này khi giành "cú đúp" danh hiệu - Cúp Quốc gia và Siêu cúp, đồng nghĩa với việc lần đầu tiên giành quyền chơi ở AFC Cup. Đây không ngờ là ngã rẽ đưa Ninh Bình đến việc giải tán.
Năm 2014, trong một trận đấu ở Cúp AFC, 9 cầu thủ của họ tổ chức dàn xếp tỷ số. Bầu Trường mời công an vào cuộc đồng thời rút lui khỏi bóng đá, dẫn đến việc chưa đầy 1 năm sau, tất cả đội bóng hoàn toàn giải tán.
Mời quý độc giả theo dõi các chương trình đã phát sóng của Đài Truyền hình Việt Nam TV Online.