Theo quyết định phê duyệt số 2675 ngày 11/10/2013 của UBND quận Ba Đình, dự án tu bổ tôn tạo di tích
chùa Một Cột có tổng mức đầu tư hơn 18 tỷ 628 triệu đồng từ nguồn vốn ngân sách và vốn xã hội hóa, trong đó chi phí xây dựng gần 14 tỷ đồng. Quy mô của dự án bao gồm các hạng mục: tu bổ tôn tạo chùa Một Cột bao gồm: hạ giải, tu bổ nguyên trạng Tòa Tam Bảo và nhà Tổ, nhà Mẫu, dỡ bỏ một số hạng mục được cơi nới thêm không phù hợp với cảnh quan và tính chất của di tích.
Xây dựng mới nhà Tăng với quy mô và kiến trúc phù hợp với cảnh quan tổng thể toàn công trình, xây mới Am hóa vàng, hoàn chỉnh hệ thống hạ tầng kỹ thuật, hệ thống cấp thoát nước, điện chiếu sáng, sân vườn, cây xanh, đường dạo, mua sắm trang thiết bị đồ thờ nội thất.
Thời gian thực hiện dự án từ quý IV/2013 đến quý II/2014. Thiết kế bản vẽ thi công dự án đã được Ban quản lý dự án quận Ba Đình - chủ đầu tư dự án xin ý kiến thẩm định của các cơ quan liên quan theo đúng quy định.