Theo chỉ đạo của Chính phủ việc xây dựng kế hoạch phải dựa trên cơ sở đánh gia đúng đắn và khách quan tình hình và kết quả thực hiện kế hoạch phát triển kinh tế xã hội 5 năm trước, các nghị quyết của Đảng, Quốc hội, Chính phủ và dự báo tình hình trong nước, khu vực và thế giới trong giai đoạn tới. Bộ Y tế đã đưa ra khung kế hoạch bảo vệ, chăm sóc và nâng cao sức khỏe nhân dân giai đoạn 2016 – 2020 và kế hoạch đầu tư công trung hạn 2016 – 2020 nhằm hướng dẫn các đơn vị trực thuộc phương pháp lập ra kế hoạch phù hợp, đưa ra những mục tiêu cụ thể, những chỉ tiêu căn bản và những nhiệm vụ trọng tâm của ngành.
Việc xây dựng kế hoạch đầu tư công trung hạn thực hiện theo Chỉ thị số 23 của Thủ tướng Chính phủ và văn bản hướng dẫn của Bộ Kế hoạch Đầu tư về việc đầu tư trung hạn. Ngành y tế đã đưa ra các mục tiêu ưu tiên về việc đầu tư nâng cấp các trạm y tế xã vùng đặc biệt khó khăn, tập trung đầu tư cho các cơ sở y tế dự phòng và các bệnh viện dựa trên các nguồn vốn khác nhau.
Bộ Kế hoạch Đầu tư với vai trò chủ trì hướng dẫn việc triển khai lập kế hoạch đầu tư trung hạn đã phổ biến các nội dung chủ yếu của Luật Đầu tư công với những điểm mới liên quan đến việc quản lý sử dụng các nguồn vốn đầu tư công, thể chế hóa quy trình quyết định chủ trương đầu tư, đổi mới mạnh mẽ công tác lập kế hoạch đầu tư từ ngắn hạng hàng năm sang trung hạn 5 năm.
Việc lập kế hoạch phát triển và kế hoạch đầu tư trung hạn theo tinh thần chỉ đạo của Chính phủ là phù hợp với kế hoạch phát triển kinh tế xã hội chung của cả nước, là nhiệm vụ quan trọng giúp ngành y tế chủ động đưa ra định hướng phát triển phù hợp với thực tế.