Trước đó, Bộ Giao thông Vận tải đã tiến hành 3 phiên họp sau khi tiếp nhận được thông tin nghi vấn nhận hối lộ từ phía Jica. Trong các cuộc họp, Bộ trưởng Đinh La Thăng cho rằng cần xử lý quyết liệt, minh bạch vụ việc.
Hầu hết những người có liên quan đã được tham gia cuộc họp, một số người đã chuyển công tác hoặc nghỉ hưu cũng được yêu cầu giải trình. Bộ trưởng cũng yêu cầu rà soát tất các dự án của công ty này, đồng thời tạm dừng các hoạt động giải ngân giai đoạn 1 và tạm dừng đàm phán tiếp theo của dự án. Cùng với đó là thực hiện rà soát, kiểm tra các dự án có vốn ODA của Ngân hàng châu Á ADB, ngân hàng thế giới World Bank.