Kết quả cho thấy, hầu hết chất lượng nước tại các vùng nuôi không tốt. Nhiều chỉ số đánh giá về ô nhiễm dinh dưỡng và ô nhiễm vi sinh vượt ngưỡng cho phép. Ô nhiễm vi sinh tại các vùng nuôi ở đầm Ô Loan, hạ lưu sông Bàn Thạch cũng có nguy cơ bùng phát vào mùa nắng nóng.
Trung tâm Giống và Kỹ thuật thủy sản Phú Yên khuyến cáo người nuôi cần chủ động nguồn nước cấp và chống nóng cho các ao nuôi; kiểm soát chặt chẽ lượng thức ăn và tuyệt đối không cho ăn thừa; cho ăn bổ sung men tiêu hóa và vitamin C để tăng cường sức đề kháng cho vật nuôi.
Đồng thời, nên dành 20% diện tích ao nuôi để xử lý nước trước khi bơm vào ao đìa; nuôi ghép các loài thủy sản để giảm thiểu nguy cơ dịch bệnh trong quá trình nuôi. Những diện tích nuôi tôm bị bệnh cần tiêu hủy hoặc chuyển sang nuôi đối tượng thủy sản khác.