Như vậy, tổng diện tích Vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng sẽ là hơn 123.000 ha, tăng hơn 30.000 ha so với diện tích cũ.
Toàn bộ Vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng nằm trong ranh giới hành chính của huyện Bố Trạch và huyện Minh Hóa, được phân chia thành các phân khu chức năng gồm: Phân khu bảo vệ nghiêm ngặt; phân khu phục hồi sinh thái; phân khu dịch vụ hành chính.
Riêng tổng diện tích vùng đệm của Vườn quốc gia là trên 220.000 ha, nằm trên địa bàn 13 xã thuộc, 3 huyện: Bố Trạch, Quảng Ninh, Minh Hóa.
Việc điều chỉnh ranh giới, tăng diện tích Vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng là nhằm bảo tồn nguyên vẹn tính đa dạng sinh học và các giá trị ngoại hạng về địa chất, địa mạo mang tính toàn cầu của khối núi đá vôi Phong Nha - Kẻ Bàng.