Theo Vụ Khoa học Công nghệ, Bộ Công Thương, do khó khăn về thị trường tiêu thụ trong nước, phần lớn sản phẩm nhiên liệu sinh học của các nhà máy đang phải xuất khẩu với giá thấp, trong đó giá bán không đủ bù chi phí giá thành khi giá Ethanol thế giới xuống thấp, còn giá nguyên liệu sắn trong nước cho sản xuất lại tăng thêm 2.000 đồng/kg.
Hiện các nhà máy của cả 7 dự án sản xuất nhiên liệu sinh học Ethanol E100 chỉ hoạt động với công suất cầm chừng 20%, thậm chí phải ngừng sản xuất như trường hợp của Công ty cổ phần Đồng Xanh hay tính đường rút khỏi dự án như trường hợp của Itochu Nhật Bản.
Theo doanh nghiệp tham gia sản xuất, phân phối xăng sinh học E5 để sản phẩm này được tiêu thụ rộng rãi thì một số chính sách thuế như thuế nhập khẩu trang thiết bị, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế VAT cần được ưu đãi.
Để tháo gỡ khó khăn về mặt cơ chế chính sách, Bộ Công Thương cho biết, việc sửa đổi dự thảo Nghị định 84 về quản lý kinh doanh xăng dầu sẽ tạo cơ chế chính sách để các doanh nghiệp kinh doanh xăng dầu có thể kinh doanh xăng E5 thuận lợi.