Theo đó, Nghị định đã bổ sung quy định xử phạt các hành vi vi phạm đối với các quy định về hoạt động của tàu thuyền, bổ sung hình thức xử phạt và biện pháp khắc phục hậu quả đối với các hành vi vi phạm của tàu thuyền khi không trang bị các thiết bị chứa dầu, xử phạt đối với việc xả, thải chất thải, rác thải ra vùng nước gây ô nhiễm môi trường.
Cụ thể, mức phạt từ 90 - 100 triệu đồng được áp dụng với hành vi đổ bùn đất, chất thải từ nạo vét không đúng vị trí quy định trong phạm vi luồng hàng hải, vùng nước trước cầu, bến cảng, khu neo đậu, khu chuyển tải...
Đối với lĩnh vực giao thông đường thủy nội địa, Nghị định bổ sung hình thức xử phạt đình chỉ hoạt động từ 1-3 tháng đối với cơ sở đào tạo thuyền viên không đảm bảo tiêu chuẩn phòng học, xưởng và khu vực thực hành; tài liệu giảng dạy không đảm bảo nội dung quy định; giảng viên giảng dạy, hướng dẫn thực hành không bảo đảm điều kiện tiêu chuẩn...
Nghị định cũng quy định rõ mức phạt tiền tối đa áp dụng với tổ chức bằng 2 lần đối với cá nhân khi vi phạm cùng một hành vi.