Trung tâm Quản lý cửa khẩu được ra đời trên tinh thần chỉ đạo của Thủ tướng chính phủ tại quyết định số 45/2013 ngày 25/7/2013, nhằm kiện toàn tổ chức và xác lập cơ chế quản lý thống nhất phối hợp của các cơ quan, lực lượng chức năng tại cửa khẩu quốc tế Lao Bảo và cửa khẩu quốc gia La Lay.
Theo đó, Trung tâm Quản lý cửa khẩu có nhiệm vụ điều hành phối hợp thống nhất các hoạt động chuyên ngành của các lực lượng quản lý hành chính nhà nước, cũng như các lực lượng chức năng khác tại cửa khẩu.
Trung tâm cũng là đầu mối quản lý nhà nước, quản lý cơ sở vật chất, chủ động kêu gọi và thu hút đầu tư, đồng thời giải quyết các vấn đề phát sinh vướng mắc trong hoạt động của các tổ chức, cá nhân doanh nghiệp tại cửa khẩu.