Nguyên nhân được xác định là do khi cho phép máy bay số hiệu PIC595 cất cánh, kiểm soát viên không lưu đã không quan sát đường cất hạ cánh khi máy bay số hiệu HVN130 vẫn chưa thoát khỏi đường cất hạ cánh.
Không chỉ vậy, kiểm soát viên không lưu điều hành nêu trên không có giấy phép và đang thực tập. Bên cạnh đó, kíp trực Đài kiểm soát tại sân bay Đà Nẵng bố trí thiếu người so với quy định.
Cục Hàng không Việt Nam đánh giá, đây là sự cố uy hiếp an toàn hoạt động bay nghiêm trọng. Nếu không được phát hiện và xử lý kịp thời, có thể dẫn đến tai nạn.
Do đó, Cục Hàng không Việt Nam quyết định thu hồi giấy phép và chứng chỉ của kíp trưởng kíp trực Phan Nho Quang. Không làm thủ tục cấp giấy phép cho kiểm soát viên không lưu thực tập Trương Nguyễn Quỳnh Anh trong phạm vi tối thiểu một năm. Yêu cầu đình chỉ công việc đối với Giám đốc Công ty Quản lý bay miền Trung trong vòng 15 ngày để thực hiện việc kiểm điểm và xử lý trách nhiệm.