Đề án đặt mục tiêu nghiên cứu và ứng dụng khoa học công nghệ để phát triển sản xuất, chế biến, tiêu thụ cá da trơn thành sản phẩm chủ lực quốc gia theo hướng nâng cao giá trị gia tăng và phát triển bền vững đáp ứng yêu cầu của thị trường xuất khẩu và tiêu dùng trong nước, góp phần giải quyết việc làm, tăng thu ngoại tệ cho đất nước.
Cụ thể, phấn đấu mở rộng thị trường và nâng cao giá trị xuất khẩu của cá da trơn Việt Nam trên thị trường quốc tế, đảm bảo kim ngạch xuất khẩu đến năm 2020 đạt 3 tỷ USD/năm. Giá trị sản phẩm tiêu thụ nội địa chiếm 15% tổng giá trị. Đồng thời, tạo thêm cơ hội việc làm cho khoảng 300.000 lao động tham gia vào sản xuất, dịch vụ cung ứng phục vụ sản xuất và tiêu thụ thủy sản, với tỷ lệ tăng 2,3% hàng năm cho đến năm 2020.