Năm 2014, Cục Hải quan Hà Nội được giao chỉ tiêu 15.400 tỷ đồng. Tính đến 30/6, đã thu được 6.720 tỷ đồng, đạt gần 50% chỉ tiêu. Do nhiều doanh nghiệp xuất nhập khẩu trên địa bàn đã không làm thủ tục hải quan tại các Chi cục Hải quan trực thuộc Cục Hải quan Hà Nội, nên số thuế thu nộp ngân sách Nhà nước chưa tương xứng với số lượng doanh nghiệp thực tế,
kim ngạch xuất nhập khẩu cũng giảm so với cùng kỳ năm trước.
Qua 3 tháng thực hiện thủ tục thông quan tự động với 3 giây/lô hàng luồng xanh, giai đoạn đầu do chưa tương thích với hệ thống cũ nên doanh nghiệp còn gặp khó khăn với việc khai báo trên hệ thống.
Bên cạnh việc khắc phục lỗi kỹ thuật để thông quan tự động nhanh chóng, Hải quan Hà Nội tạo điều kiện để doanh nghiệp có thể lựa chọn nộp thuế tại kho bạc hay ngân hàng thương mại được ủy quyền, nhằm giảm thời gian chờ đợi, chi phí lưu kho khi thông quan hàng hóa. Doanh nghiệp cũng chỉ cần lập 1 liên bảng kê thay cho việc phải lập 4 liên giấy nộp tiền như trước đây.