Theo đó, qua kiểm tra 399 doanh nghiệp ở KCX các địa phương nói trên vào thời điểm 31/12/2011, Thanh tra Chính phủ phát hiện có 57% doanh nghiệp không phát sinh doanh thu hoặc hạch toán lỗ hoặc không lãi, nhiều doanh nghiệp báo lỗ liên tục nhiều năm.
Trong đó, qua xem xem xét 125 doanh nghiệp hạch toán lỗ, có tới 36 doanh nghiệp lỗ 3 năm liên tiếp với tổng mức lỗ lên tới trên 2.800 tỷ đồng; 69 doanh nghiệp khác có mức lỗ 2 năm liên tiếp với tổng mức lỗ 1.829 tỷ đồng.
Đáng chú ý, Thanh tra Chính phỉ còn phát hiện không ít doanh nghiệp kê khai lỗ lớn trong nhiều năm nhưng tốc độ tăng doanh thu hằng năm vẫn cao, hoạt động sản xuất kinh doanh liên tục được mở rộng, nhiều doanh nghiệp đã có số lỗ vượt quá số vốn chủ sở hữu.
Thanh tra Chính phủ cho rằng, những dữ liệu thông tin trên là biểu hiện của việc chuyển giá, nhưng do không xác minh được thông tin đầu ra đối với các DN nước ngoài nên cơ quan thuế không đủ cơ sở để xem xét, xử lý. Kết thúc đợt thanh tra, Thanh tra Chính phủ kiến nghị xử lý về kinh tế hơn 36.000 tỷ đồng.