Tại cuộc hội đàm, hai bộ trưởng nhất trí sẽ tăng cường hợp tác quân sự, nhất là hợp tác hải quân và không quân cũng như chia sẻ kinh nghiệm huấn luyện lực lượng tham gia gìn giữ hòa bình của Liên hợp quốc mà Việt Nam vừa chính thức là quốc gia thành viên của tổ chức này.
Hai bên cũng nhất trí sẽ thiết lập đường dây nóng và hướng tới ký kết văn bản tuần tra chung giữa hải quân hai nước. Hai bộ trưởng nhất trí quân đội hai nước sẽ tham gia huấn luyện chung về công tác cứu hộ, cứu nạn trên biển; không sử dụng vũ lực trong việc giải quyết vấn đề ngư dân hai nước vi phạm pháp luật mỗi bên.
Về không quân, hai bên sẽ hợp tác trong huấn luyện phi công và khai thác, sử dụng các loại máy bay có xuất xứ từ Nga.
Hai bộ trưởng nhất trí thiết lập cơ chế đối thoại về Chính sách Quốc phòng cấp thứ trưởng, đẩy mạnh tham vấn, ủng hộ lẫn nhau trên các diễn đàn đa phương cũng như thúc đẩy triển khai hiệu quả các nội dung hợp tác trong khuôn khổ Bản ghi nhớ hợp tác song phương đã được ký kết.
Tại hội đàm, Bộ trưởng Phùng Quang Thanh đề xuất Malaysia ủng hộ đề xuất của Việt Nam về việc các bên ký thỏa thận không sử dụng vũ lực trong tranh chấp trên biển.