Là dự án quan trọng quốc gia sơ bộ được xác định hơn 1 triệu tỷ đồng (tức gần 56 tỷ USD), các ý kiến đều cho rằng, nếu thực hiện được dự án này sẽ tạo thêm những động lực mới mạnh mẽ để thúc đẩy kinh tế, xã hội phát triển. Tuy nhiên, các đại biểu cũng nêu băn khoăn về số tiền vốn quá lớn để thực hiện dự án sẽ lấy từ đâu ra. Nếu đi vay nước ngoài thì cần cân nhắc rất thận trọng, phải đảm bảo được khả năng chi trả, an ninh tài chính, tiền tệ và rộng hơn là tính độc lập của quốc gia.
Tuy nhiên, cũng có ý kiến cho rằng, vấn đề không phải là nợ bao nhiêu, mà là sử dụng nợ như thế nào. Nếu như dự án đường sắt cao tốc chắc chắn đem lại hiệu quả kinh tế, xã hội, thì việc vay vốn nước ngoài để làm là rất nên.
Một vấn đề khác liên quan tới tính khả thi của dự án, đó là phải cân nhắc tính hữu dụng của dự án trong tổng thể mối quan hệ với các hệ thống đường bộ và đường không khác. Liệu cùng một tuyến đường, với giá vé và thời gian như nhau, hành khách sẽ chọn tàu cao tốc hay máy bay...
Nhiều ý kiến cũng đã nêu, thực tiễn đường Hồ Chí Minh sau khi bỏ ra nguồn vốn rất lớn để thực hiện, đến nay vẫn chưa phát huy hiệu quả như mong muốn; hệ thống thủy điện ở nhiều nơi cũng rất tốn kém, với những lợi ích được trông đợi là cấp thêm điện năng, chống úng và chống hạn, nhưng hầu như hiệu quả cũng không được như dự tính.
Một số đại biểu kiến nghị Quốc hội không chỉ nên quyết định riêng về chủ trương, mà chủ trương phải đi cùng với một số điều kiện cụ thể. Nếu tính toán thấy chắc chắn đáp ứng được các điều kiện cơ bản đó thì mới được thực hiện chủ trương.
Nhiều ý kiến thảo luận tại tổ cũng cũng lưu ý vấn đề giải tỏa mặt bằng. Dự án đường sắt cao tốc Bắc-Nam đòi hỏi một diện tích mặt bằng rất lớn, qua nhiều vùng địa hình. Nếu không được chuẩn bị kỹ càng sẽ gây tốt kém về đền bù giải tỏa; mặt khác, có thể gây tổn hại về sinh thái cho các vùng mà đường sắt đi qua.
Cuối cùng, các ĐBQH ở các đoàn đều cho rằng, trước khi Quốc hội quyết định cho chủ trương đối với dự án hết sức quan trọng này, cần tăng cường công tác thông tin, tuyên truyền tới cử tri và nhân dân cả nước, thuyết phục về những lợi ích to lớn của dự án, những giải pháp khắc phục hiệu quả các vấn đề phát sinh, nhằm tăng cường sự đồng thuận trong xã hội, đảm bảo quyết định của Quốc hội sẽ là quyết định hợp ý Đảng, lòng dân.