Hội nghị đã thống nhất chọn 5 lĩnh vực ưu tiên cho các chương trình Mekong - Nhật Bản hợp tác thời gian tới. Tại hội nghị, Nhật Bản cam kết dành 500 tỷ Yen (tương đương 5 tỷ USD) hỗ trợ cho các nước Mekong trong 3 năm để triển khai trên tất cả các lĩnh vực và khoản 20 triệu USD Nhật Bản hỗ trợ Tam giác phát triển Campuchia-Lào-Việt Nam.
Hội nghị đã thống nhất chọn 5 lĩnh vực ưu tiên cho các chương trình Mekong - Nhật Bản hợp tác thời gian tới bao gồm: Hỗ trợ thuận tiện cho kết nối ASEAN; Môi trường và biến đổi khí hậu; Quản lý và phòng chống thiên tai; Hợp tác công - tư về đầu tư cơ sở hạ tầng; và Sức khỏe phụ sản, trẻ sơ sinh và trẻ em, phòng chống bệnh truyền nhiễm.
Các Bộ trưởng đã nhất trí thông qua Tuyên bố Chủ tịch khẳng định quyết tâm tiếp tục tăng cường hợp tác, xây dựng và củng cố mối quan hệ nhiều mặt, không chỉ giới hạn trong quan hệ kinh tế mà cả chính trị, văn hoá, và các lĩnh vực khác, và trên hết là tạo dựng mối quan hệ tốt đẹp, thân thiện giữa các dân tộc.
Đóng góp cho phương hướng hợp tác Mekong - Nhật Bản thời gian tới, Phó Thủ tướng, Bộ trưởng Ngoại giao Phạm Gia Khiêm nhấn mạnh vai trò của hợp tác phát triển cơ sở hạ tầng, đặc biệt là các dự án thuộc gói hỗ trợ của Nhật Bản nhằm phát triển hạ tầng cứng và hạ tầng mềm của Hành lang kinh tế Đông - Tây và Hành lang kinh tế phía Nam, đồng thời đề nghị Nhật Bản quan tâm hỗ trợ các nước Mekong nâng cấp các tuyến đường bộ thuộc mạng đường bộ ASEAN trong Kế hoạch tổng thể về kết nối ASEAN.
Hội nghị cũng nhất trí sẽ tổ chức Hội nghị cấp cao Mekong - Nhật Bản lần thứ 3 bên lề Hội nghị Cấp cao ASEAN vào tháng 11/2011 tại Indonesia.