Cho đến nay, ba hạng mục phụ của ngôi chùa từng bị tự ý hạ giải và làm mới là: nhà Tổ, gác Khánh và bậc cấp trước sân tiền đường đã được Viện Bảo tồn
Di tích - đơn vị thi công dự án hoàn thành việc phục dựng. Các hạng mục này đều được thi công đúng thiết kế, theo đúng quy định của quy chế tu bổ, phục hồi di tích và quan trọng nhất là gần sát với nguyên gốc. Một số cấu kiện cũ, hàm chứa các giá trị cổ của gác Khánh đã được lắp dựng trở lại. Trong suốt quá trình tu bổ di tích, nhiều cuộc hội thảo đã được tổ chức giữa địa phương, nhà chùa, các nhà thiết kế, thi công tu bổ... nhằm đưa lại kết quả tốt nhất cho công tác phục hồi.
Cũng trong sáng nay, lễ cất nóc tòa Thượng điện - hạng mục quan trọng trong Dự án tu bổ, tôn tạo chùa Trăm Gian đã diễn ra trước sự chứng minh của Đức pháp chủ Giáo hội Phật giáo Việt Nam - Đại lão Hòa thượng Thích Phổ Tuệ cùng nhiều tăng ni, phật tử.
Như vậy, sau hơn một năm xảy ra những ồn ào xung quanh câu chuyện trùng tu di tích, người dân đã gần được thấy lại những giá trị đặc sắc vốn có của chùa Trăm Gian cũng những bài học đắt giá trong công tác bảo tồn.