Theo yêu cầu của chính phủ, khối DNNN sẽ phải cơ cấu lại sản xuất kinh doanh, tập trung vào những ngành nghề chính. Tuy nhiên, theo nhiều nhà phân tích, một vấn đề cũng cần phải được nghiên cứu kỹ hơn, đó là dần tách rời nhiệm vụ kinh doanh với xã hội nhằm hướng tới kinh tế thị trường. Vì thời gian vừa qua không ít doanh nghiệp báo cáo lãi nhưng kiểm tra lại lỗ và ngược lại, nhiều doanh nghiệp luôn luôn kêu lỗ nhưng thu nhập trong ngành lại cao hơn nhiều so với mặt bằng xã hội.
Theo Hiệp hội Phân bón Việt Nam, nếu tính theo năng lực sản xuất trong nước thì hiện phân bón các loại vẫn thiếu hụt 30% so với nhu cầu, nếu chiểu theo kinh tế thị trường, trong những thời điểm cung nhỏ hơn cầu, thường là các doanh nghiệp tăng giá. Nhưng với những ngành mang tính đặc thù và nằm trong diện bình ổn như phân bón, việc tăng giá hay không lại không hoàn toàn phụ thuộc vào doanh nghiệp.
Ông Nguyễn Duy Khuyến, Chủ tịch HĐQT công ty cổ phần Supe phốt phát và Hóa chất Lâm Thao cho rằng, trước khi tăng giá, công ty đều phải có những báo cáo lên các cấp, đây chính là một trong những hạn chế của các DNNN hiện nay, nhiều khi gây khó khăn trong tự chủ sản xuất kinh doanh.
Theo Đề án “Tái cơ cấu doanh nghiệp Nhà nước, trọng tâm là tập đoàn, tổng công ty nhà nước giai đoạn 2011-2015” mà Thủ tướng Chính phủ vừa phê duyệt đã đề ra những nhiệm vụ cụ thể mà nhiệm vụ đầu tiên là phân loại doanh nghiệp 100% vốn nhà nước hiện có theo 3 nhóm: DNNN nắm giữ 100% vốn điều lệ, DN cổ phần hóa mà Nhà nước nắm giữ trên 50% vốn điều lệ và Nhóm các doanh nghiệp nhà nước thua lỗ kéo dài, không có khả năng khắc phục. Còn theo nhiều nhà phân tích, tư duy buộc các DNNN phải đảm nhận việc điều tiết thị trường đã dần không còn phù hợp và nhiều khi lại gây khó khăn cho sự tham gia của các khu vực kinh tế khác.
Theo các chuyên gia, để nâng cao hiệu quả hoạt động, phải đặt DNNN vào môi trường cạnh tranh, cần tách biệt vai trò nhà nước với tư cách là chủ sở hữu với tư cách quản lý, điều tiết. Các biện pháp của Chính phủ phải giúp DNNN nâng cao hiệu quả hoạt động, nâng cao năng suất chứ không phải tăng lợi nhuận ngắn hạn. Còn đối với các DNNN cũng cần phải chịu các áp lực cạnh tranh giống các thành phần kinh tế khác, điều này không chỉ ổn định kinh tế trong thời điểm trước mắt, mà còn tạo đà để Việt Nam hướng tới một nền kinh tế thị trường với bước phát triển mang tính bền vững hơn trong tương lai.