Căn cứ vào cáo trạng của Viện Kiểm sát Nhân dân tỉnh Quảng Bình, khoảng 7h ngày 25/1/2009 (tức 30 Tết Kỷ Sửu), Nguyễn Xuân Quý cùng em trai là Nguyễn Minh Mậu dùng thuyền gỗ có động cơ diezel 15 mã lực, biển kiểm soát QB-1370H do Quý làm chủ thuyền chở khách ngang sông từ bến xã Quảng Hải đi xã Quảng Thanh qua sông Gianh, Quý giao cho Mậu điểu khiển thuyền, Quý đứng đầu mũi thuyền điều hành sắp xếp khách. Thuyền chở 100 người đều trú tại xã Quảng Hải, vượt quá sức chở cho phép 88 người. Khi thuyền cách bến đò Quảng Thanh chừng 30m thì bị chìm, làm 42 người thiệt mạng.
Sau vụ chìm đò tại xã Quảng Hải, huyện Quảng Trạch, nhiều tổ chức, cơ quan, cá nhân trong và ngoài nước đã ủng hộ gia đình thân nhân có người bị chết với số tiền trên 4 tỉ đồng, bình quân mỗi nạn nhân được ủng hộ 97 triệu đồng.
Tại phiên tòa, áp dụng Khoản 7, Điều 8, Điểm c khoản 1 điều 35 Luật Giao thông đường thủy nội địa, hành vi của Nguyễn Minh Mậu phạm vào tội “Vi phạm qui định về điều khiển phương tiện giao thông đường thủy” qui định tại Điều 212 Bộ luật hình sự nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam.
Đối với Nguyễn Xuân Quý, biết rõ Nguyễn Minh Mậu không có chứng chỉ chuyên môn điều khiển thuyền lắp động cơ 15 mã lực và có sức chở đến 12 người, nhưng vẫn giao cho Nguyễn Minh Mậu điều khiển, gây tai nạn chìm thuyền. Hành vi của Nguyễn Xuân Quý phạm vào tội “giao cho người không đủ điều kiện điều khiển các phương tiện giao thông đường thủy” qui định tại Điều 215 Bộ luật hình sự nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam.
Tòa đã tuyên án: Nguyễn Minh Mậu 15 năm tù giam, Nguyễn Xuân Quý 14 năm tù giam. Hai bị cáo phải bồi thường tiền mai táng phí và tổn thất tinh thần cho các gia đình có người bị hại trên 400 triệu đồng.