Miếu Long Thuyền được trùng tu từ nguồn vốn xã hội hóa di tích.
Công trình được thực hiện từ nguồn vốn xã hội hóa di tích, tập trung vào các hạng mục hạ giải các bệ, am thờ, phục hồi Miếu Long Thuyền với kiểu thức phù hợp với cảnh quan xung quanh; cải tạo cảnh quan môi trường di tích cũng như bổ sung hệ thống chiếu sáng phục vụ công cộng.
Miếu Long Thuyền là nơi thờ phụng vị thần bảo vệ cho các đội lính Long Thuyền, dựa vào tín ngưỡng dân gian Việt Nam. Công trình có vị trí hết sức đặc biệt, nằm trong tổng thể khu vực không gian Kỳ Đài - Phu Văn Lâu - Nghinh Lương đình.
Tuy nhiên, trải qua nhiều thời kỳ lịch sử, trước khi được trùng tu trở lại, Miếu Long Thuyền đã xuống cấp trầm trọng, hoang phế. Cùng với trùng tu Miếu Long Thuyền, trước đó Trung tâm cũng đã phục chế thành công thuyền cung đình Long Quang.
Sau khi hoàn thành việc trùng tu Miếu Long Thuyền, ở đây hình thành nên một không gian để gợi lại cho du khách về một đội Long Thuyền chuyên phục vụ cho các vua triều Nguyễn khi muốn đi lại bằng đường thủy, giúp du khách trong và ngoài nước có những cái nhìn thấu đáo hơn nữa về văn hóa và lịch sử của dân tộc ta.