Theo đó một số quy định của pháp luật đối với doanh nghiệp còn thiếu sự thống nhất gây khó khăn cho cơ quan thuế, hải quan khi hướng dẫn thuế. Trong khi đó, sự phối hợp giữa cơ quan thuế và cơ quan hải quan còn lỏng lẻo trong xác định căn cứ về giá trị thuế.
Việc thanh, kiểm tra đối với các doanh nghiệp chế xuất của cơ quan thuế, hải quan còn chưa thường xuyên. Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với các cơ quan có liên quan nghiên cứu, sửa đổi, bổ sung cơ chế chính sách để phát hiện và xử lý hành vi chuyển giá của doanh nghiệp chế xuất gia công hàng xuất khẩu nói riêng, doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài nói chung trình Thủ tướng xem xét, xử lý.