Những năm gần đây, việc chuyển nhượng vốn góp của các tổ chức và cá nhân trong các doanh nghiệp diễn ra thường xuyên trên địa bàn. Tuy nhiên, hiện vẫn chưa có cơ chế phối hợp giữa cơ quan thuế và cơ quan cấp phép nên dẫn đến tình trạng thất thu ngân sách.
Một số vụ chuyển nhượng đang bị nghi là né thuế như hợp đồng khai với cơ quan thuế thì giá bán bằng giá vốn nên không phát sinh thu nhập và không phải nộp thuế. Ví dụ như vụ chuyển nhượng của Công ty Intel Asia Holdin Limited cho công ty trong cùng tập đoàn. Hay hợp đồng giá trị cao nhưng thu nhập phát sinh thấp như trường hợp Công ty Cổ phần hàng tiêu dùng Masan chuyển nhượng vốn cho quỹ đầu tư Vietnam Growth Capital với giá trị hơn 1.061 tỷ đồng nhưng thu nhập phát sinh chỉ có 246 triệu đồng.
Một vụ khác là hợp đồng chuyển nhượng vốn có phát sinh chênh lệch lớn giữa giá chuyển nhượng và giá vốn (có phát sinh thu nhập) nhưng lại không kê khai với cơ quan thuế như Công ty Cổ phần Thương mại Dịch vụ Phở 24 đang được Cục Thuế TP.HCM yêu cầu giải trình
Trước tình hình này, UBND TP.HCM kiến nghị Bộ Tài chính một loạt quy định yêu cầu các tổ chức và cá nhân có hoạt động chuyển nhượng vốn phải hoàn thành nghĩa vụ thuế trước khi làm thủ tục đăng ký chuyển nhượng và phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.