Hầu hết các đại biểu Quốc hội đã bày tỏ sự tán thành với những nội dung đã nêu trong báo cáo thẩm tra của Ủy ban thường vụ Quốc hội về 2 dự án luật này.
Tuy nhiên, cũng có một số ý kiến còn băn khoăn và đề nghị luật tổ chức tòa án nhân dân sửa đổi cần làm rõ hơn nữa nội dung các chức danh tư pháp; Ở tòa cấp thấp nhất chỉ gọi là thẩm phán chứ không nên gọi là thẩm phán sơ cấp còn ở cấp cao nhất gọi là Thẩm phán tối cao thay vì Thẩm phán tòa án nhân dân tối cao. Đối với luật tổ chức viện kiểm sát nên làm rõ mối quan hệ giữa cơ chế thủ trưởng với vai trò kiểm sát viên tại tòa; Về qui định tổ chức Tòa án hay Viện kiểm sát khu vực, một số đại biểu chỉ nên thành lập ở khu vực đồng bằng, đông dân, địa hình tiện đi lại đồng thời nếu thành lập phải tách hoàn toàn khỏi tòa án quận huyện.
Các đại biểu cũng đề xuất bỏ việc thành lập thêm tòa án giản lược, đồng ý quy định tuổi về hưu với thẩm phán là 65, kiến nghị nên lấy ý kiến Hội đồng nhân dân trong việc bổ nhiệm thẩm phán.