3 trạm thu phí BOT chưa lắp đặt thiết bị thu phí không dừng là BOT Quán Hàu-Đông Hà, Cam Thịnh - Khánh Hòa, và Cần Thơ- Phụng Hiệp. Chiều ngày 11/9, Tổng Cục đường bộ Việt Nam đã phải đứng ra làm đầu mối, kết nối thỏa hiệp các điều khoản còn vướng mắc giữa nhà cung cấp công nghệ thu phí không dừng với 3 nhà đầu tư BOT này. Tuy nhiên đại diện BOT Quán Hàu - Đông Hà đã không đến họp. Sau 2 giờ đàm phán khá căng thẳng, đại diện Tổng Cục đường bộ Việt Nam cũng đã lý giải và đưa ra các giải pháp, nhưng lý do cuối cùng được 2 nhà đầu tư BOT đưa ra đó là không chấp nhận để nhà cung cấp dịch vụ quản lý nguồn tiền thu phí.
Đại diện Tổng cục đường bộ Việt Nam đã quyết định ra hạn, ngày 15/9 là hạn cuối cùng để 2 nhà đầu tư BOT thỏa thuận xong các điều khoản. Ngày 30/10 phải lắp đặt xong và đưa vào hoạt động thu phí tự động, cũng như liên thông hệ thống với cơ quan quản lý Nhà nước. Nếu cố tình kéo dài thời gian sẽ dừng thu phí tại 2 trạm BOT Cam Thịnh - Khánh Hòa, và BOT Cần Thơ - Phụng Hiệp.