Gần đây, trước sự đồn đoán Thủy Tùng chữa được các bệnh hiểm nghèo như ung thư hay tai biến mạch máu não, cùng với đó là thú chơi lắm tiền của những đại gia đã khiến loài cây này đối mặt với nguy cơ bị tận diệt.
Để bảo vệ cánh rừng, Ban Bảo tồn sinh cảnh Thủy Tùng phải rất khó khăn để ngăn chặn. Nhiều chòi canh, điểm chốt chặn được dựng lên ngay trong vùng lõi của cánh rừng. Do lực lượng mỏng nên đơn vị phải chia ca kíp, luân phiên tuần tra 24/24h, không kể đêm ngày hay mưa bão.
Với tinh thần làm việc đầy trách nhiệm, từ khi thành lập đến nay, Ban Bảo tồn sinh cảnh Thủy Tùng đã không để một cây thủy tùng nào bị xâm hại thêm, thậm chí cả những cành nhánh cũng được quản lý chặt chẽ. Cho dù quần thể Thủy Tùng Ea Ral hiện chỉ còn 140 cá thể, song đầu tư cho việc bảo vệ luôn được ưu tiên hàng đầu, từ lập đường băng vùng ngập hay kéo điện thắp sáng.
Ngoài giá trị kinh tế, Thủy Tùng còn có giá trị đặc biệt về khoa học, môi trường. Nếu loài cây này được nhân giống thì có thể đưa vào trồng ở nhiều hệ sinh thái khác nhau như hồ đập, bờ sông, rừng đầu nguồn…nhằm bảo vệ nguồn nước ngầm đang bị suy giảm nghiêm trọng. Thời gian qua, Ban Bảo tồn sinh học Thủy Tùng đã thành công trong ghép chồi vào hệ thống rể thở, điều này cho thấy việc tạo ra các quần thể thủy tùng mới là hoàn toàn có thể. Thủy Tùng có khả năng tự thụ phấn, sinh sản bằng hạt. Vì vậy rất cần có một dự án quy mô lớn cả về tài chính, khoa học kỹ thuật để thực nghiệm và nhân rộng.