Ngoài việc cơ sở vật chất tại các huyện miền núi còn thiếu thốn thì ý thức của người dân trong công tác phòng chống dịch tay chân miệng còn chưa cao là nguyên nhân khiến số ca mắc tại huyện Khánh Sơn gia tăng. Nhiều phụ huynh không thực hiện tốt công tác cách ly trẻ theo đúng hướng dẫn của các nhân viên y tế, hoặc khi phát hiện trẻ nhiễm bệnh nhưng vẫn cho trẻ đến trường, làm lây lan dịch bệnh. Hiện các xã có số mắc cao nhất là: Ba Cụm Bắc; Thành Sơn và thị trấn Tô Hạp.
Theo nhận định của ngành y tế, diễn biến của bệnh tay chân miệng trên địa bàn huyện Khánh Sơn có thể sẽ tiếp tục gia tăng trong thời gian tới. Bởi đây là thời điểm trẻ em đã bước vào năm học mới, tỷ lệ lây nhiễm cao hơn. Để phòng chống bệnh tay chân miệng, ngành y tế huyện Khánh Sơn đang tăng cường các biện pháp giám sát ca bệnh trong trường học và cộng đồng, khuyến cáo người dân giữ gìn vệ sinh cá nhân và môi trường sống.