Nguyên nhân giải thể là từ khi Khu kinh tế cửa khẩu Cầu Treo không còn đáp ứng đủ điều kiện để được hưởng ưu đãi khu phi thuế quan, không được hưởng các chính sách thuế đối với hàng hóa, dịch vụ sau khi Luật Thuế xuất khẩu, nhập khẩu 2016 có hiệu lực...Cả khu kinh tế sầm uất này rơi vào tình trạng đìu hiu, khối lượng công việc tại đây gần như không còn nên không cần thiết phải duy trì hoạt động của Chi cục Hải quan khu kinh tế cửa khẩu Cầu Treo.

Bộ Tài chính giao Tổng cục Hải quan chỉ đạo triển khai công tác bàn giao cơ sở vật chất, phân công các đơn vị quản lý hải quan trên địa bàn và bố trí nhân sự đảm bảo phù hợp đúng quy định.