Theo Nghị định số 108/2017/NĐ-CP, các tổ chức, cá nhân được xuất, nhập khẩu phân bón phải bảo đảm phù hợp với quy định của nước nhập khẩu, hợp đồng, điều ước quốc tế, thỏa thuận quốc tế thừa nhận lẫn nhau về kết quả đánh giá sự phù hợp với nước, vùng lãnh thổ liên quan. 

Theo đó, tổ chức, cá nhân nhập khẩu phân bón chưa được công nhận lưu hành tại Việt Nam phải có Giấy phép nhập khẩu thuộc 1 trong các trường hợp sau: Phân bón để khảo nghiệm; Phân bón chuyên dùng cho sân thể thao, khu vui chơi giải trí; Phân bón chuyên dùng của các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài để phục vụ cho sản xuất trong phạm vi của doanh nghiệp, sử dụng trong các dự án của nước ngoài tại Việt Nam; Phân bón làm quà tặng; làm hàng mẫu; Phân bón tham gia hội chợ, triển lãm; Phân bón nhập khẩu để sản xuất phân bón xuất khẩu; Phân bón phục vụ nghiên cứu khoa học; Phân bón làm nguyên liệu để sản xuất phân bón. 

Trường hợp tổ chức, cá nhân có phân bón đã được công nhận lưu hành tại Việt Nam được nhập khẩu hoặc ủy quyền cho tổ chức, cá nhân khác nhập khẩu, không cần giấy phép nhập khẩu, trừ trường hợp quy định ở trên. 

Nghị định số 108/2017/NĐ-CP quy định: Tổ chức, cá nhân nhập khẩu phân bón ngoài các giấy tờ, tài liệu theo quy định về nhập khẩu hàng hóa, phải nộp cho cơ quan Hải quan Thông báo kết quả kiểm tra Nhà nước chất lượng phân bón nhập khẩu đối với trường hợp quy định; Giấy phép nhập khẩu phân bón (nộp trực tiếp hoặc thông qua Hệ thống Một cửa quốc gia) đối với trường hợp phân bón chưa được công nhận lưu hành tại Việt Nam. 

Tổ chức, cá nhân xuất khẩu, nhập khẩu phân bón phải tuân thủ các quy định về chất lượng phân bón theo quy định của pháp luật về chất lượng sản phẩm, hàng hóa; chấp hành sự kiểm tra, thanh tra của cơ quan quản lý Nhà nước có thẩm quyền; chấp hành các quy định về xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa theo quy định của pháp luật có liên quan. 

Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chịu trách nhiệm trước Chính phủ thực hiện quản lý nhà nước về xuất khẩu, nhập khẩu phân bón.