Thu tiền cấp quyền khai thác khoáng sản là một chính sách nhằm tạo nguồn thu cho ngân sách Nhà nước; đồng thời là tiền đề quan trọng cải tạo môi trường và những hệ lụy khác do khai thác khoáng sản gây ra cho địa phương. Tính đến tháng 5 năm 2018, toàn tỉnh có 59 doanh nghiệp được cấp giấy phép khai thác khoáng sản, trong đó có 12 doanh nghiệp do Trung ương cấp, 47 doanh nghiệp do UBND tỉnh Khánh Hòa cấp. Số tiền cấp quyền khai thác khoáng sản phát sinh trong năm 2018 hơn 46 tỷ đồng, đã nộp ngân sách gần 20 tỷ đồng. Nếu tính cả tiền nợ thuế từ năm trước chuyển sang, đến nay các doanh nghiệp còn nợ trên 50 tỷ đồng vẫn chưa thu hồi được.

Theo Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Khánh Hòa, tình trạng các doanh nghiệp chậm nộp tiền cấp quyền khai thác khoáng sản là do chưa thực hiện xong công tác đền bù, thu hồi đất; hoặc chưa tiến hành xây dựng mỏ. Ngoài ra, một số doanh nghiệp chưa nắm rõ thời hạn nộp tiền cấp quyền khai thác khoáng sản theo Nghị định 203 của Chính phủ quy định chậm nhất là 90 ngày, tính từ ngày nhận được thông báo của Cục thuế tỉnh. Thời hạn nộp chậm nhất của các năm tiếp theo là ngày 31/3 hàng năm. Trường hợp doanh nghiệp đã tiến hành khai thác, nhưng không chấp hành đúng quy định pháp luật thì cơ quan quản lý nhà nước thực hiện các biện pháp chế tài.

Trong năm 2018, Cục thuế tỉnh Khánh Hòa cũng tăng cường quản lý các nguồn thu từ hoạt động khai thác khoáng sản được cấp phép, lưu ý đối với các dự án xây dựng, không để tình trạng sử dụng hóa đơn chứng từ nhằm hợp pháp hóa nguồn gốc khoáng sản khai thác trái phép. Bên cạnh đó, phối hợp với cơ quan tài nguyên môi trường, UBND cấp huyện, xã kiểm tra việc niêm yết công khai, đầy đủ thông tin về tổ chức, cá nhân được cấp phép khai thác khoáng sản. Phòng quản lý các khoản thu từ đất Cục Thuế tỉnh và các chi cục thuế trực thuộc cử công chức tham gia tổ liên ngành kiểm soát hoạt động khai thác khoáng sản khi có yêu cầu từ UBND các cấp.