35 tỷ đồng sẽ được trích từ nguồn ngân sách tỉnh Khánh Hòa để triển khai một số gói thầu ưu tiên của Dự án, trong khi chờ hoàn tất một số thủ tục cuối cùng từ Trung ương. Động thái này nhằm hạn chế tình trạng các hạng mục của dự án bị chậm trễ, tránh những rủi ro như chi phí tăng do lạm phát và khả năng thiếu hụt vốn.
Ngoài ra, tỉnh Khánh Hòa cũng sẽ tập trung vào việc đẩy nhanh công tác giải phóng mặt bằng, ổn định tái định cư cho người dân nằm trong vùng chịu ảnh hưởng. Dự án Vệ sinh Môi trường các Thành phố Duyên Hải được hình thành dựa trên sự tài trợ và hợp tác giữa Ngân hàng Thế giới với Chính phủ Việt Nam, được triển khai trong vòng 5 năm từ 2018 – 2022.