Theo giấy phép xây dựng, Công ty TNHH Du lịch sinh thái Hòn Rùa được xây dựng 8 hạng mục tại đảo Hòn Rùa, gồm: cổng tam quan, nhà đón tiếp, nhà trung tâm, nhà khách, nhà kỹ thuật, nhà câu lạc bộ bơi lặn, cầu tàu, đường giao thông nội bộ. Tuy nhiên, trong đợt kiểm tra vào cuối tháng 6 vừa qua, đoàn kiểm tra liên ngành do Sở Xây dựng chủ trì đã phát hiện Công ty TNHH Du lịch sinh thái Hòn Rùa tổ chức thi công xây dựng công trình nhà khách và đặt máy phát điện tại đảo Hòn Rùa sai với nội dung giấy phép xây dựng được cấp. Vì vậy, Sở đã ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính và yêu cầu chủ đầu tư ngừng thi công xây dựng công trình vi phạm trật tự xây dựng. 

Trước đó, năm 2017, UBND tỉnh Khánh Hòa đã ra quyết định xử phạt đối với Công ty TNHH Sinh thái Hòn Rùa tổng số tiền 175 triệu đồng do tự đổ đất đá lấp biển vịnh Nha Trang, xây dựng trái phép đường giao thông nội bộ trên đảo Hòn Rùa ngoài ranh giới được giao, không lập, gửi kế hoạch quản lý và thực hiện giám sát về môi trường theo quy định.