Xe ôtô con biển kiểm soát 78A-019.80 do tài xế Mai Văn Toàn (trú ở Hòa Hiệp Nam, huyện Đông Hòa, tỉnh Phú Yên) điều khiển. Khi đến đoạn đường giao nhau có tín hiệu đèn và chuông cảnh báo tự động, lái xe thiếu quan sát, đã băng qua đường sắt khi tàu SNQ2 đang chạy tới. Hậu quả là tàu SNQ2 đã tông trực diện vào xe ôtô và kéo lê một đoạn khoảng 5m. Hai người trên xe ô tô bị thương được đưa đi cấp cứu tại Bệnh viện Đa khoa tỉnh Phú Yên.

Chiếc xe bị hư hỏng, biến dạng hoàn toàn. Hàng rào đường sắt cũng bị bật gốc, xiêu vẹo do va chạm giữa xe và tàu hỏa. Vụ tai nạn này khiến các đoàn tàu khác bị chậm, dừng lại chờ ở các ga. Sau khi tai nạn xảy ra, các cơ quan chức năng đã đến hiện trường xử lý nên chỉ 28 phút sau, tàu SNQ2 tiếp tục hành trình.

Tính từ đầu năm đến nay, tại Phú Yên đã xảy ra gần chục vụ tai nạn giao thông đường sắt, khiến 7 người chết và 4 người bị thương. Tất cả đều tăng gấp đôi con số của cả năm 2017 tại tỉnh này.