Người dân huyện đảo Lý Sơn phụ thuộc phần lớn vào nguồn nước ngầm. Nắng nóng, hạn hán kéo dài, cùng với đó là việc gia tăng các giếng đào, giếng khoan để phục vụ nhu cầu sử dụng nước cho sinh hoạt và sản xuất đang làm cạn kiệt dần nguồn nước ngầm đang có ở huyện đảo. Năm 2014, toàn huyện có 546 giếng nước, đến nay đã có gần 2.000 giếng. Bất chấp quy định của chính quyền địa phương, nhiều người vẫn lén lút khoan, đào giếng trái phép.
Theo Sở Tài nguyên Môi trường Quảng Ngãi, trữ lượng nước ngầm cho phép tại Lý Sơn khoảng 16.000m3/ngày đêm, nhưng thực tế quan trắc lượng khai thác tại đảo Lý Sơn đến 21.000m3/ngày đêm, vượt hơn 5.000m3/ngày đêm. Biến đổi khí hậu cùng với khai thác nước ngầm quá tải đã dẫn đến việc gia tăng tình trạng nhiễm mặn ở Lý Sơn.
