Thực hiện nhiệm vụ thanh tra, kiểm tra, kiểm soát hoạt động khai thác của các tàu cá trên biển với mục tiêu chống khai thác hải sản bất hợp pháp (IUU). Theo đó 2 văn phòng này sẽ triển khai thực hiện nhiệm vụ thanh tra, kiểm tra, kiểm soát đối với tàu cá cập bến, xuất bến; đồng thời sau khi các tàu đánh bắt trở vào bờ, sẽ trực tiếp đến từng tàu kiểm tra, kiểm soát, xác nhận sản phẩm sau khai thác, đặc biệt là kiểm tra nhật ký khai thác xem tàu cá có đánh bắt hợp pháp hay không để loại trừ các trường hợp khai thác hải sản trái phép từ vùng biển nước ngoài.

Quảng Ngãi là tỉnh có nhiều tàu cá khai thác, đánh bắt hải sản trái phép nhiều nhất nước ta hiện nay.