Nước thải từ những cơ sở sản xuất bún tại địa phương xả thẳng ra môi trường. Đáng nói hơn, dù đã phản ánh nhiều lần, cơ quan chức năng cũng thường xuyên tổ chức kiểm tra, xử phạt; nhưng tình trạng này vẫn chưa thể xử lý dứt điểm.
Ghi nhận tại khu tái định cư Phú Lộc Đông 2, thị trấn Diên Khánh, nước thải bún tràn ra đường, bốc mùi hôi. Trong đó, khu vực ô nhiễm nhất là ở Bu Gáo. Đây là nơi thu gom nước mưa của 2 tổ dân phố Phú Lộc Đông 2 và 3, nhưng từ lúc đưa vào sử dụng đến nay đã bị biến thành nơi thu gom nước thải.
Hiện trên địa bàn huyện Diên Khánh có hơn 10 hộ sản xuất bún, bánh phở; trong đó, tập trung chủ yếu ở 2 tổ dân phố này. Trước đây, khi chưa xây dựng khu tái định cư Phú Lộc Đông 2, nước thải của quá trình làm bún tự do chảy vào một hồ nước trong dân cư khiến môi trường bị ô nhiễm trầm trọng. Sau khi khu tái định cư được xây dựng, địa phương tiến hành lấp hồ và yêu cầu các hộ tự xử lý nước thải bằng hầm rút.
Hiện đa phần các hộ sản xuất bún vẫn tự ý xả nước thải ra ngoài gây ô nhiễm.
Năm 2015, vấn đề xử lý nước thải làng nghề làm bún đã từng được đặt ra. Trung tâm Khuyến nông tỉnh đã thực hiện dự án ứng dụng biogas trong sản xuất bún tại làng nghề bún Diên Khánh, song chỉ thí điểm ở một số hộ. Tuy nhiên, do công suất hoạt động của các hộ tăng lên nên hệ thống hầm rút cũng bị quá tải.