Một khi nhiễm lao kháng thuốc, nghĩa là virus không bị thuốc điều trị tiêu diệt thì bệnh nhân chắc chắn sẽ tử vong. Từ năm 2009, Bộ Y tế bắt đầu chương trình điều trị lao đa kháng thuốc tại Việt Nam. Cũng như đối với điều trị lao thông thường, việc điều trị lao kháng thuốc hiện cũng rất cần sự chủ động của bệnh nhân.
Phú Yên hiện có khoảng 1.350 bệnh nhân mắc lao. Số bệnh nhân mắc lao kháng thuốc là 22 người. Tuy nhiên, không phải người đã mắc lao mới nhiễm lao kháng thuốc. Người chưa từng mắc lao cũng có thể nhiễm lao kháng thuốc từ các nguồn bệnh trong cộng đồng. Do đó, để việc điều trị lao kháng thuốc đạt hiệu quả hơn, năm 2018, Chương trình phòng chống lao Quốc gia sẽ mở rộng sàng lọc tới các nhóm đối tượng nghi kháng thuốc, đặc biệt là sàng lọc 100% nhóm bệnh nhân lao phổi mới.