Quá trình trùng tu, tôn tạo và phục hồi di tích Thành Điện Hải sẽ diễn ra theo 2 giai đoạn. Giai đoạn 1 sẽ tiến hành giải phóng mặt bằng và di dời toàn bộ số hộ dân ra khỏi khu vực Thành Điện Hải, tháo dỡ các yếu tố kiến trúc không nguyên gốc, xây dựng không gian đệm cho di tích. Giai đoạn này dự kiến kéo dài từ năm 2017 đến năm 2019 với tổng kinh phí khoảng 98 tỷ đồng. Trong đó, chi phí đền bù khoảng 67 tỷ đồng, chi phí cải tạo cảnh quan khuôn viên và xây dựng không gian đệm khoảng 18 tỷ đồng và các chi phí khác. 

UBND TP Đà Nẵng đã tiến hành giải tỏa 80 hộ dân sống xung quanh khu vực bờ tường phía Tây, dừng hẳn công trình Trung tâm lưu trữ ở phía Bắc để phục vụ công tác trùng tu, tôn tạo và phục hồi di tích Thành Điện Hải.