Theo quy hoạch đến năm 2020, tỉnh Phú Yên sẽ có 4 vùng và 2 làng nghề nuôi chim yến. Từ năm 2021 đến 2030, trên địa bàn tỉnh sẽ có thêm 10 vùng nuôi nữa. Tại các vùng quy hoạch đã được phê duyệt, nhà nuôi chim yến cần đảm bảo an toàn sinh học, khoảng cách tối thiểu 100 m từ nhà yến đến các công trình sinh hoạt cộng đồng như trường học, trạm y tế…
Các vùng không khuyến khích nuôi như: gần khu công nghiệp, nhà máy, bệnh viện, trường học, cơ sở y tế, khu hành chính, khu nội thị của thành phố, thị xã, thị trấn, thị tứ, khu dân cư đông đúc. Đối với các nhà yến đã xây dựng trước khi quy hoạch có hiệu lực sẽ được bảo tồn, không phát triển diện tích nuôi, đưa vào diện quản lý cho phép tồn tại; chịu sự kiểm tra, giám sát về an toàn sinh học, vệ sinh thú y, môi trường theo quy định của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và các quy định hiện hành.