Thanh tra Chính phủ chỉ rõ việc cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước tại Cảng Quy Nhơn có nhiều sai phạm liên quan đến trách nhiệm của nhiều tổ chức, cá nhân. Cụ thể, UBND tỉnh Bình Định đề nghị Bộ GTVT, Thủ tướng Chính phủ cho phép cổ phần hóa Cảng Quy Nhơn theo hướng nhà nước nắm giữ 49% vốn điều lệ, sau đó tiếp tục đề nghị Bộ GTVT báo cáo Thủ tướng Chính phủ cho bán hết 49% vốn nhà nước tại Công ty cổ phần Cảng Quy Nhơn. Việc Bí thư Tỉnh ủy Bình Định có Văn bản 1062 đề nghị Bộ GTVT chỉ đạo đẩy nhanh tiến độ bán toàn bộ 49% cổ phần của nhà nước tại Công ty cổ phần Cảng Quy Nhơn là "không đúng chức năng, nhiệm vụ theo quy định của pháp luật, không đúng với Đề án tái cơ cấu Vinalines giai đoạn 2012 - 2015 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt".
Kết luận của Thanh tra Chính phủ cũng cho thấy, Bộ GTVT đã chỉ đạo Vinalines về phương thức chuyển nhượng vốn nhà nước tại Công ty cổ phần Cảng Quy Nhơn là không rõ ràng, thiếu nhất quán. Việc Văn phòng Chính phủ đã tham mưu, trình Phó thủ tướng Chính phủ ban hành Văn bản 1652 cho bán hết 49% vốn nhà nước là không đúng với Đề án tái cơ cấu Vinalines.
Với những sai phạm trên, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo Bộ GTVT chủ trì kiểm điểm, xử lý nghiêm trách nhiệm đối với các tập thể, cá nhân thuộc thẩm quyền quản lý. Bộ GTVT chỉ đạo Vinalines theo thẩm quyền kiểm điểm, xử lý trách nhiệm các tập thể, cá nhân có khuyết điểm, vi phạm, trong đó có Ban Chỉ đạo cổ phần hóa và tổ giúp việc đối với những khuyết điểm, vi phạm nêu tại kết luận thanh tra; nguyên Tổng giám đốc và nguyên Kế toán trưởng Công ty TNHH MTV Cảng Quy Nhơn đối với khuyết điểm, vi phạm trong trích khấu hao tài sản cố định không đúng quy định. Thanh tra Chính phủ cũng kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo Văn phòng Chính phủ tổ chức kiểm điểm, xử lý trách nhiệm đối với các cá nhân liên quan; UBND tỉnh Bình Định tổ chức kiểm điểm, xử lý trách nhiệm đối với các tập thể, cá nhân liên quan đến những khuyết điểm, vi phạm nêu tại kết luận thanh tra.
